| Commune | Nom de la cavité | Profondeur (m) | Développement (m) |
| Bolandoz | perte des Ravières | -107 | 1422 |
| Bonneveau le Prieuré | grotte de Plaisir Fontaine | 10 | 1035 |
| Cademène | grotte des Chaillets | 70 | 9050 |
| Cademène | grotte du Moulin des Isles | 21 | 2544 |
| Déservillers-Nans sous Sainte Anne | réseau du Verneau | -387 | 33300 |
| Hopital du Grosbois | gouffre des Saussaies | -109 | 214 |
| Hopital du Grosbois | gouffre de la Vieille Herbe | -180 | 800 |
| Hopital du Grosbois | gouffre du Gros Bourbier | -155 | 245 |
| Malbrans | gouffre de Vauvougier | -215 | 2550 |
| Montrond-le-Chateau | gouffre du Brizon | -128 | 1120 |
| Montrond-le-Chateau | gouffre de la Lave | -126 | 400 |
| Montrond-le-Chateau | gouffre de la Brosse | -116 | 186 |
| Montrond-le-Chateau | grotte des Cavottes | -115 | 3589 |
| Montrond-le-Chateau | gouffre de la Belle Louise | -122 | 857 |
| Montrond-le-Chateau | gouffre du Pré Rond | -112 | 205 |
| Naisey les Granges | gouffre de la combe d'Anroz | -105 | 250 |
| Ornans | gouffre du Bois d'Ully | -98 | 115 |
| Ornans | grotte du Fond de la Vau | 42 | 510 |
| Ornans | grotte de Chauveroche | 50 | 8000 |
| Rurey | gouffre du Franc | -101 | 240 |
| Saules | grotte de la Charbonnière | -16 | 750 |
| Scey En Varais | source de l'Ecoutot | -22 | 1750 |
| Tarcenay | gouffre d'Ouzène | -62 | 457 |
| Trepot | gouffre du Paradis | -215 | 1100 |
| Trepot | gouffre de Lachenau | -175 | 1740 |